“脑血管病研究实验室”于2013年开始筹建，2014年正式成立，2018年批准为脑血管病研究重庆市重点实验室。实验室占地面积约2500平方米，包括基础研究部、临床研究部和临床部。现有科研人员39人，其中高级职称科研人员25人，博士14人，博士研究生导师4人，硕士研究生导师23人。实验室实行主任负责制，聘请“973首席科学家”谢鹏教授担任实验室主任，负责实验室的日常运行工作。实验室坚持从临床问题出发，强调以“转化研究”为核心的运行机制，充分发挥医院丰富的临床资源优势，整合从事脑血管病基础、临床、检验、影像等领域的科研人员，围绕出血性卒中、缺血性卒中、脑血管病与情感障碍三个主要研究方向，开展脑血管病转化医学研究，培养和造就高层次科学研究人才。

脑血管研究重庆市重点实验室包括基础研究部（中心实验室、重庆医科大学神经科学研究中心）、临床研究部（检验科、放射科）和临床部（神经内外科、康复科）。实验室主任是“973首席科学家”谢鹏教授，实验室围绕脑血管病与情感障碍、出血性卒中、缺血性卒中三个方向开展脑血管病转化医学研究。

近三年实验室发表论文158篇，其中SCI论文92篇，累计影响因子360余分；获得科研项目31项，其中国家级8项，累计科研经费达2200余万元。

在脑血管病与情感障碍方面，系统评价了多种治疗方案在儿童青少年抑郁障碍的疗效、安全性和自杀风险，提出了分层优化治疗策略，相关成果发表在Lancet杂志上，显著促进了儿童青少年抑郁治疗的合理用药。主编《常见神经疾病合并抑郁临床诊治指南》和《常见神经疾病合并焦虑临床诊治专家共识》。“抑郁障碍的基础研究与临床应用”获2019年度重庆市科技进步一等奖。

出血性卒中方面，提出能预测脑出血早期血肿扩大的三个平扫CT新征象，以此为基础提出了脑出血新的临床诊断分级体系以及抗血肿扩大治疗时间窗概念及超早期有效内科治疗方案等。研究成果被写入国内外相关指南和《中国医学科技发展报告》。

缺血性卒中方面，主编《中国脑卒中合理用药指导规范》。提出治疗远端脑血管急性栓塞的3D-GAMA介入治疗技术。“缺血性脑卒中防治的新策略与新技术及推广应用” 获国家科技进步二等奖（2017年）。